1. 综合管理办公室
       负责科学技术研究院综合事务管理（OA、重要文件文书、科技信息和宣传、科学技术研究院网站和科研管理系统管理和维护、各类统计年鉴报告等，内外联络和接待等）；科学技术研究院内部综合性工作的组织和协调。

2. 纵向研究处、项目管理中心
       负责科技部等国家部委主体科技计划的各类重大重点项目（973计划、重大科学研究计划、ITER计划、863计划、科技支撑计划、行业科研专项等），以及国家中长期科技重大专项的组项工作。

       负责国家自然科学基金、教育部、市科委等部门来源的基础研究项目、各类人才和团队计划项目，以及国际科技合作项目、科技基础性工作专项、科学仪器专项等的组项工作；组织科技发展战略研究和科技发展规划研讨。

3. 产学研合作处、技术转移中心
       负责上海市各委办局及其他地方政府的“政产学研金”项目的组项工作，与国内外企业的产学研合作，以及横向科技合同管理相关工作。负责国家和省部级工程研究中心、工程技术研究中心、工程实验室以及校企合作研究机构的培育建设与管理。
       以知识产权为中心，开展技术转移、技术集成、技术中介和技术服务，负责地方技术转移平台的建设与管理。

4. 国际合作办公室
       负责国家自然科学基金委、教育部、科技部、上海市以及NIH\WHO等各部门来源的国际合作项目和基地的规划、组建和管理；理工学科相关外事事务的管理、协调和统筹。

5. 基地建设与成果管理处
       负责国家重大科技基础设施、国家重点实验室、省部级重点实验室，以及非校企合作类校级研究机构的培育建设与运行管理；协助组织“2011计划”协同创新中心的培育组建与申报认定；原985平台办相关职能并入基地建设办公室。
       负责国家奖、省部级奖和其他科技奖项的组织申报及相关管理工作，以及科技奖励的审核和发放。

6. 医学科研处
       医学科研处作为科学技术研究院下设分管医学科研管理工作的职能部门，主要职责为医科科研工作的综合管理与协调，组织与策划，为科研人员提供科研管理支持与服务。